ב-1904 אושפזה סבינה שפילריין, פולניה-יהודיה בת 18, בבית החולים הפסיכיאטרי בורגהלצלי שבשוויץ כשהיא סובלת מהיסטריה. רופא צעיר בשם קארל גוסטב יונג מנסה עליה את השיטה הפסיכואנליטית החדשה שהמציא ד"ר פרויד: תרפיה בדיבור. תוך שנה מתאוששת סבינה ונרשמת ללימודי הרפואה. יחסיה עם יונג לא נפסקים ובהדרגה מתפתח רומן משמעותי בינהם. הקשר בין השניים, ובין שניהם לבין פרויד, עתיד להשפיע על מסלולה של הפסיכואנליזה. "שיטה מסוכנת" הוא תיאור דרמטי של מערכות היחסים הסבוכות האלו. לכאורה, זהו הסרט הכי פחות צפוי מדיוויד קרוננברג: דרמה היסטורית, רומנטית ואפילו מרגשת. אך מתחת לפני השטח, עוסק הסרט בדברים שתמיד העסיקו אותו, בממשק שבין גוף לנפש, במתח שבין הפנטסטי לממשי.