מתחת לקורות רצפת העץ באחוזה הממוקמת על גן קסום בפרברי טוקיו, גרה משפחה של אנשים קטנטנים. ארייטי הקטנטנה בת ה 14 גרה עם שני הוריה הקטנטנים מוקפים בחפצים קטנטנים. דיירות הבית, שתי נשים זקנות, לא מודעות כלל לקיומם של הדיירים המיניאטורים מתחת לרגליהן. יום אחד נכנס להתגורר בבית הזקנות ילד בן 12 בשם שו. בניגוד להזהרות החוזרות ונשנות של הוריה, ארייטי הסקרנית לא מתאפקת מלהתבונן בילד ולהתקרב אליו עד שלבסוף היא מתגלה על ידיו. השניים מוצאים זה בזו אוזן קשבת לסודותיהם וחברות אמת מתחילה לפרוח בין בן האנוש ל"לקחנית" הקטנטנה...