"הר המנוחות" הוא בית הקברות היהודי המרכזי בירושלים וקבורים בו מעל לרבע מיליון איש. מפאת מצוקת מקום נחפרות בימים אלו, עמוק בבטן ההר, מנהרות קבורה ענקיות – הצפויות להכיל למעלה מ-23 אלף קברים חדשים, כשרים למהדרין. על רקע תהליך הבנייה של הפרויקט השאפתני והמרהיב, נצא למסע קולנועי – מעל הקרקע ומתחתיה – אל "מאחורי הקלעים" של עולם הקבורה היהודי. "עיר המתים" מתבונן באנשים, בעבודות ובמנהגים שמרכיבים את מפעל הקבורה הגדול בירושלים ומשרטט את רשת היחסים שלנו עם המוות: בין מלאכה קדושה לעבודה שחורה, בין טכנולוגיה להלכה, בין תחייה למלחמה.